1588年1月11日，丰臣秀吉还签署命令，将长崎置于太阁政府的直接管理之下。长崎第*次开始由日本的中央政府而不是九州的大名管理。大村氏和有马氏对于丰臣秀吉的做法自然感到不满，他们声称长崎应该由他们来管理，因为他们认为自从大村纯忠将长崎赠送给耶稣会以后，耶稣会是以他们的名义来管理这座城市和港口的，在耶稣会管理长崎结束以后，现在应该归由他们来接管了。但是丰臣秀吉对于大村氏以及有马氏的诉求完全不予理会，他径直派遣基督徒大名小西行长来到长崎执行他的命令。当时长崎的地方政府是由一些选举出来的社会名流组成的，他们中的许多人与耶稣会士的关系非常密切。不过，如前所述，丰臣秀吉虽然禁止基督教，却没有禁止长崎与澳门的葡萄牙人进行通商，因为他要发动更大规模的海外战争，需要金钱的支持。由于无法彻底隔绝海外贸易、拒绝与葡萄牙人贸易带来的利润，禁教令实际上也得不到彻底的执行。同年8月16日至18日，葡萄牙舰长杰罗尼姆·佩雷拉（Jerónimo Pereira）率领葡萄牙大帆船来到长崎贸易。在次年1月底离开长崎之前，他派遣了一名使者带着许多礼物前往觐见丰臣秀吉。丰臣秀吉对这名使节表现出和蔼可亲的态度，同时也向这位使节坦率地表明，他个人对耶稣会的神父并无恶感，基督教很可能适合别的国家，但是在日本传播基督教会威胁到日本本土的佛教和神道教，而神道教和佛教则是日本文明的根基。耶稣会士完全明白丰臣秀吉的间谍系统非常发达，他可能已经知道在禁止基督教的命令发布以后，只有三四名传教士离开日本的事情。同时，丰臣秀吉向葡萄牙人表示，要继续推进长崎与澳门的海上贸易活动。他派遣当时著名的基督徒商人小西隆佐（Konish Ryúsa or Joaquin，1533—1592）作为代理人以二十万克鲁扎多购买九百皮科的生丝。当时的耶稣会士对于丰臣秀吉的做法感到十分困惑，因为小西隆佐也是一位基督徒商人，也是著名的基督徒大名小西行长的父亲。同时丰臣秀吉还宣布，他的代理人在长崎购买葡萄牙人的货物（*主要的是生丝）是拥有优先权的。如1589年，他购买了九万斤，占葡萄牙人运到长崎的生丝的三分之二。他还让在长崎的官员采取单方面定价以及一次性购买的方式，杜绝葡萄牙人抬高货价的可能性。丰臣秀吉在长崎以外的港口也采取这样的办法，如在 1589 年，他向萨摩藩主岛津氏下令，在他派遣的官员抵达当地以前，不得开启买卖。这一年，他在萨摩藩一下子买下价值两万两银子的货物。可见在对外关系上，丰臣秀吉的策略与其后继者德川家康一样，就是将葡萄牙人的贸易活动与传教士的传教活动分开，保留通商，禁止传教。这样，日本当局就觉得可以通过贸易获取利润，同时也杜绝了教会带给日本人民在信仰上的混乱与离心倾向。
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1592 年以后，丰臣秀吉忙于入侵朝鲜的战争，对于长崎的处置就搁置了下来。在这一段时间里，长崎的耶稣会士没有受到太多的打扰，可以继续传教。在整个丰臣秀吉时代，长崎奉行似乎只将注意力集中在捞取每年澳门与长崎的丝绸贸易利润上（这也是以往耶稣会士*感兴趣的），长崎实际上仍然是葡萄牙人能够控制的地方。通过长崎奉行的报告，丰臣秀吉对于葡萄牙人和耶稣会士在长崎的行为基本上感到满意，并不想把事情推到极端。1593年，他正式同意让少量耶稣会士永久地居住在长崎，以便他们担任译员，协助奉行与从澳门来的葡萄牙船只进行贸易谈判。1596年10月19日，发生了“圣菲律普号”事件，从马尼拉驶向新西班牙（墨西哥）的“圣菲律普号”因风暴停泊在日本土佐，船长的口不择言、夸大其词引起了日本当局的警觉。a12月8日，丰臣秀吉再度发布禁教令，幕府在大坂和京都逮捕了以鲍蒂斯塔（Fray Pedro Bautista， 1542—1597）神父为首的一批方济各会士、三名耶稣会士以及日本天主教徒，并将他们从京都押解到长崎。1597年2月5日在长崎的西坂，他们被杀害。后世称为“二十六圣徒事件”。此一事件是丰臣秀吉对以菲律宾为基地的西班牙势力的警惕以及对日本天主教会发出的警告。但是，丰臣秀吉并没有改变他对长崎的管理方式，至死也没有动摇对他的译员葡萄牙耶稣会士陆若汉的信赖。
占位居中
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