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C.萨科内(Cecilia Saccone)、 G.佩索莱 (Graziano Pesole)、 王进 、 严明 著 / 化学工业出版社 / 2008-07 / 平装
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比较基因组学手册:原理与方法
《比较基因组学手册:原理与方法》是一本实用的工具书,涵盖了比较功能基因组学这个新兴领域中的基础知识和应用实例。《比较基因组学手册:原理与方法》撰写中注重介绍下列内容:比较基因组学的概念和方法:基因组学和基因表达分析的基本原理;比较分析的生物信息学方法;基因组学和转译组学的分析方法;丰富的网络资源。
上篇基因组特性第1章原核生物1.1引言1.2形态和分类1.3基因组的形状和大小1.4基因数目和组成方式1.5碱基组成1.6密码子的使用1.7复制和表达第2章真核生物2.1引言2.2真核生物的分类与时间尺度2.3基因组的形状和大小2.4碱基组分2.5复制、修复和重组2.6基因表达2.6.1转录与转录后调控2.6.2遗传密码和密码子的使用2.6.3翻译与翻译后修饰2.7完整测序的真核生物基因组2.7.1酿酒酵母基因组2.7.2粟酒裂殖酵母基因组2.7.3线虫基因组2.7.4黑腹果蝇基因组2.7.5拟南芥基因组2.7.6水稻基因组2.7.7人基因组第3章细胞器3.1线粒体3.1.1一般结构和功能3.1.2DNA与遗传系统3.1.3基因组的特征3.2叶绿体和其他质体中篇方法学第4章基因组学中的分子生物学技术4.1基因组DNA测序4.1.1DNA测序技术4.1.2人类基因组计划4.2转录组分析4.2.1基因表达分析4.2.2表达序列标签4.2.3基因表达序列分析4.2.4差异显示4.2.5表现度示差分析4.2.6DNA微阵列4.3蛋白质组分析4.3.1二维凝胶电泳4.3.2蛋白质鉴定4.3.3蛋白质-DNA和蛋白质-蛋白质相互作用的研究4.3.4生物芯片法分析蛋白质组第5章基因组时代的生物学数据库5.1引言5.2基础数据库和专业化的数据库5.3数据库结构5.4数据库链接与互通性5.5数据库注释5.6检索系统5.6.1SRS5.6.2Entrez5.6.3其他检索系统5.7核酸数据库5.8蛋白质数据库5.9其他蛋白质数据库5.10基因组数据库和资源5.11基因数据库与资源5.12转录组数据库5.13代谢组数据库5.14突变数据库5.15线粒体数据库和资源第6章基因组序列分析的计算方法6.1引言6.2点阵图6.3两序列比对6.3.1Needleman-Wunsch全局比对算法6.3.2Smith-Waterman算法6.3.3cDNA以及基因组DNA序列的比对6.3.4基因组比对6.3.5清除序列库中的冗余序列6.3.6同源序列相似度的计算6.4数据库搜索6.4.1FASTA6.4.2BLAST6.4.3BLAST和FASTA程序包6.4.4过滤不需要的序列匹配块6.4.5重复序列匹配的过滤6.4.6比对分值的统计学意义6.5多序列比对6.6可识别远源相关蛋白或蛋白质模块的比对谱6.7序列的组装方法6.7.1序列的净化6.7.2序列的聚类6.7.3构建一致序列6.7.4用电子PCR绘制序列图谱6.7.5基因组和EST项目的序列组装6.7.6构建用于基因索引的组装序列6.8生物序列的语言学分析6.8.1马尔可夫链式生物序列6.8.2生物序列语言的复杂度6.8.3基因组重复序列的识别6.8.4生物序列中的模式搜索6.8.5识别染色体序列中的启动子区域6.8.6发掘识别基因调控元件和蛋白质模块组件的模式6.8.7基因预测6.8.8基因组序列中CpG岛的识别6.8.9密码子使用策略分析6.9RNA二级结构预测6.10蛋白质序列分析6.10.1蛋白质一级序列的分析6.10.2预测跨膜蛋白螺旋6.10.3蛋白质信号肽的识别及亚细胞定位的预测6.10.4蛋白质二级结构的预测6.10.5预测卷曲螺旋和螺旋一转角一螺旋结构6.10.6蛋白质三级结构预测6.10.7蛋白质折叠的识别与分类6.10.8蛋白质功能预测的基因组比较工具6.11进化与系统发育分析6.11.1同源序列间遗传距离的评价6.11.2分子系统发育学下篇比较基因组学第7章分子进化7.1引言7.2基因组尺寸的进化7.3碱基组分在进化中的作用7.4原核基因组的进化7.5从原核生物到真核生物7.5.1真核细胞的起源7.5.2线粒体基因组的进化7.5.3质体的起源与进化7.6从单细胞到多细胞7.7核基因组的进化7.7.1内含子7.7.2基因数目和蛋白质数目7.7.3非编码元件7.7.4基因家族的扩展7.7.5基因组倍增7.7.6结论第8章分子系统发育学8.1引言8.2分子钟8.3相似性测量:直系同源与旁系同源8.4基因组学时代的分子系统发育学8.5远源物种间的相互关系:进化树8.6后生动物的系统发育8.6.1细胞器分类学与核分类学8.6.2哺乳动物系统发育附录本书引用的URL参考文献索引译后记
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开播时间:09月02日 10:30