1862年,英国循道会传教士郭修理自广东来汉,杨格非将金庭公店房屋以及汉正街一带让给循道会布道,自己去下游的花楼街购地,建造花楼总堂(后来迁往模范区,名格非堂,即今日黄石路口的荣光堂),创办仁济医院(汉口协和医院的前身)。1863年,在汉口夹街建造华中第一所教堂——首恩堂。1864年7月,在当时尚未列为商埠的武昌戈甲营建造了湖北省城的第一所教堂(崇真堂,2000年恢复使用),在附近的昙华林,也建造了一所仁济医院。不久,又先后在孝感、天门、皂市以及黄陂、汉阳等地建立教堂。他和他的同事在湖北省建立了至少100个传教站,被称为“街头布道家” 杨格非以在广阔的中国内地旅行布道而知名,另一项主要贡献是写作和翻译。1899年,他在汉口后花楼居巷(今交通巷)创办博学书院(英文校名:Griffith John College 杨格非学院,武汉市第四中学的前身)。1911年10月武昌首义爆发,由其女婿施伯珩等护送乘英轮离开汉口,1912年1月返回英国。