诗文整理以稿本《石田稿》为底本,后四种别集中所收《石田稿》之诗文作为参校。稿本《石田稿》未收之诗文,辑作《< 石田稿> 补编》,以诗歌刊刻先后顺序为编排原则,依次收录明刻本《石田稿》、《石田诗选》、《石田先生集》、《石田先生诗文钞》中前书未收之作,以早出现之版本作底本,后出版本作为参校。
《落花诗三十首》因《石田先生诗钞》所收三十首接近原貌,故以《石田先生诗钞》焉底本,校以《石田稿》、《石田诗选》、《石田先生集》,《石田诗选》所收亦全部保留。《落花诗》异文甚多,仅字词不同者出校,整句异文可参见《石田诗选》。
稿本《石田稿》之删改痕迹,是考察沈周诗歌创作过程之重要材料。因此将尚能辨别之修改以“『某某』原作『某某』”形式以校记注明,整首诗有删除标识者亦全部录入,并注明“此诗原删”。因明显错讹所作修改、漏衍字所作增删以及倒乙、重复标识不再注明,按修改后之内容录入。
《石田先生诗钞》多有编者所加题下系年、诗下小注,因其系年间有讹误,整理中仅将诗下小注以校记形式标明,题下系年不再出现,仅在附录之《石田先生诗钞目录》中保留。
附录明刻本《石田稿》、《石田诗选》、《石田先生集》、《石田先生诗文钞》之序跋及目录索引《石田先生文钞》后有钱谦益所辑《石田先生事略》一卷,一并附于后。
诗歌题目不同版本多有差异,以早出现之题目为准,若有较大差异则出校,不影响意义之异文、后出版本中题目之讹误不再注明,仅在附录之目录索引中保留。刻本中《石田诗选》、《石田先生集》、《石田先生诗钞》原有目录,与正文题目偶有不同之处,均用正文之题目。